前話からの続く市街戦から本話は始まりました。一条中尉のVF-1Sはコンサート会場周辺のリガード隊を掃討し、民間人の負傷者の捜索を始めました。
そしてVF-1Sのモニタの映像に驚く一条中尉。そこには、無人と化した会場で、キスする二人の姿がありました。
いつしかカイフンは、幼なじみのミンメイをひとりの女性として愛するようになっていました。誰もいない好機を捉え、自分の怪我を介抱するミンメイにキスして思いを伝えたのでした。一方、その現場を目撃して大きなショックを受けたのが一条中尉でした。半ば自暴自棄となった彼は、群がるリガードの群れに単機で突入するのでした。
本戦闘では、ダイダロス艦首から侵入した部隊の他にも、旗艦するバルキリー隊に混じって艦内に入った部隊もありました。それがカムジン率いる部隊でした。
艦内の市街地を進むカムジンたちの前に現れたのは、戦意に乏しいリガード部隊でした。彼らは「ミンメイ」ちゃんを目撃したことを楽しそうに話します。彼らは「文化」を目のあたりにしたことで「文化」が本当に実在することを知りました。そしてマクロス艦内の破壊活動を拒否し、戦闘を放棄しようとするのでした。
厭戦気分を吹き飛ばすため、カムジンは、命令拒否した１機を破壊します。しかし、リガードに乗る兵士たちを従わせることはできませんでした。
もはやゼントラーディ軍の混乱は収まりようがありません。ブリタイ司令はとうとう作戦中止を命じるのでした。
首尾よく戦線から離脱することができた「三人組」率いるマイクローンたち。壊されたミンメイ人形を手に取って思うことは・・・。
侵入作戦に乗じてマクロス艦内に潜伏した「青い風」３人組をはじめとする２３名の逃亡兵士は亡命の意思を示すのでした。さらに血液分析の結果、地球人とゼントラーディ人はおなじ遺伝子構造をもつ同一種族であることが判明しました。
実際にゼントラーディ人と接触した経験者として会議に召集された一条中尉。はじめは亡命に否定的でしたが、早瀬大尉の話を聴き、マックスと共に亡命者を受けいれ賛成に回りました。議論の末、ついにグローバル艦長は亡命者を受け入れる決を下すのでした。
ゼントラーディ人たちの亡命理由から、彼らとの共存の可能性と戦争終結の糸口をつかんだ早瀬大尉は、早速グローバル艦長に地球統合軍総司令部におもむき、停戦にむけて首脳部の説得を行いたい旨を申し出て、これを受理されました。
ミンメイとカイフンという互いに思いが届かない相手を持つという共通点から距離が縮まってきた輝と美沙。ですが、任務を第一に考える美沙の行動によって、両者は物理的に離ればなれになることになってしまいます。
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