Retry: Code Aster 13.4 without PETSc on Ubuntu 16.04

Ubuntu 14.04の経験を生かして、Ubuntu 16.04での構築に再挑戦です。

参考はこちら

0.準備

apt-getを使って必要なものをインストールします。

$ sudo apt-get install gfortran g++ python-dev python-qt4 python-numpy liblapack-dev libblas-dev tcl tk zlib1g-dev bison flex checkinstall libx11-dev cmake qt4-dev-tools libmotif-dev
また、mfrontの構築のために、boostとdoxygenをインストールします。
$sudo apt-get install libboost-all-dev doxygen
今回は、openmpiの3.0.0を用意しました。
$tar xfvz openmpi-3.0.0.tar.gz
$cd ./openmpi-3.0.0
$./configure --prefix=/usr/local
$sudo make all install
このあと

~/.bashrcを開いて、ファイルの最後に次の文を付け加えます。

PATH=/usr/loca/bin:$PATH
LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/lib:$LD_LIBRARY_PATH
MANPATH=/usr/local/share/man:$MANPATH
export PATH LD_LIBRARY_PATH MANPATH

次に /etc/ld.so.conf.d/ を管理者権限で開いて”openmpi.conf”というファイルを作り、次の内容を記述します。

/usr/local/lib
最後に$sudo ldconfigを実行します。
1.OpenBLASのインストール
$ tar xfvz OpenBLAS-0.2.20.tar.gz
$ cd OpenBLAS-0.2.20
$ make NO_AFFINITY=1 USE_OPENMP=1
$ make PREFIX=/opt/OpenBLAS install
$ echo /opt/OpenBLAS/lib | sudo tee -a /etc/ld.so.conf.d/openblas.conf
$ sudo ldconfig

以上です。

2.Asterのインストール
CodeAsterのソースコードをダウンロードして展開したら、参考のとおりにsetup.pyを変更します。
$ cd aster-full-src-13.4.0
$ sed -i "s:PREFER_COMPILER\ =\ 'GNU':PREFER_COMPILER\ =\'GNU_without_MATH'\nMATHLIB=\ '/opt/OpenBLAS/lib/libopenblas.a':g" setup.cfg

続けて

$ python setup.py install

以上です。参考のとおりに並列計算用のホストファイルを作成しておきます。

$ echo "$HOSTNAME cpu=$(cat /proc/cpuinfo | grep processor | wc -l)" > /opt/aster/etc/codeaster/mpi_hostfile
3.ScaLAPACKのインストール
$ tar xfvz scalapack_installer.tgz
$ cd scalapack_installer
$ ./setup.py --lapacklib=/opt/OpenBLAS/lib/libopenblas.a --mpicc=mpicc --mpif90=mpif90 --mpiincdir=/usr/local/include --ldflags_c=-fopenmp --ldflags_fc=-fopenmp --prefix=/opt/scalapack
以上です。

4. parmetis

ソースコードをダウンロードして展開します。

$ tar xvf parmetis-4.0.3.tar.gz
$ cd parmetis-4.0.3
$ make config prefix=/opt/parmetis-4.0.3
$ make

完了したら、動作確認をします。

$ cd Graphs
$ mpirun -np 8 ptest rotor.graph rotor.graph.xyz

特にエラーが出なければ終了です。

5.scotch

Codeasterのソースコードに含まれているscotch-6.0.4-aster5.tar.gzを/opt下に展開します。

$ cd /opt/scotch-6.0.4/src

Makefile.incはこちら

$ make scotch esmumps
$ make ptscotch ptesmumps

完了したら、動作確認です。

$make check
$make ptcheck

問題なければ完了です。

6.Mumps

Codeasterのソースコードに含まれているmumps-5.1.1-aster2.tar.gzを/opt下に展開します。フォルダ名はmumps-5.1.1-mpiとしています。

$ cd /opt/mumps-5.1.1-mpi

Makefile.incはこちら

$ make all

終了したらexamplesに移動して動作チェックを行います。

7.Petscのインストール

petsc-3.7.7.tar.gzをダウンロードし、/opt下に展開します。まず、configです。

$ cd /opt/petsc-3.7.7
$ ./configure --configModules=PETSc.Configure --optionsModule=config.compilerOptions --with-mpi-dir=/usr/local --with-blas-lapack-lib=/opt/OpenBLAS/lib/libopenblas.a --download-hypre=yes --download-ml=yes --with-debugging=0 COPTFLAGS=-O1 CXXOPTFLAGS=-O1 FOPTFLAGS=-O1 --with-x=0 --with-shared-libraries=0 --download-mumps=yes --with-scalapack-dir=/opt/scalapack --with-ptscotch-dir=/opt/scotch-6.0.4 --with-parmetis-dir=/opt/parmetis-4.0.3 --with-metis-dir=/opt/aster/public/metis-5.1.0 --download-mumps-commit=v5.1.1-p3 --with-ssl=0

そしてmakeです。

make PETSC_DIR=/opt/petsc-3.7.7 PETSC_ARCH=arch-linux2-c-opt all

次に動作確認です。

make PETSC_DIR=/opt/petsc-3.7.7 PETSC_ARCH=arch-linux2-c-opt test
make PETSC_DIR=/opt/petsc-3.7.7 PETSC_ARCH=arch-linux2-c-opt streams

以上です。

8.wafを使って並列版Code Asterの構築

/opt/aster/etc/codeaster/asrunをテキストエディタで開いて、mpi_get_procid_cmdの部分を書き換えます。
mpi_get_procid_cmd : echo $OMPI_COMM_WORLD_RANK
そしてmpirunの部分を次のように書き換えます。
mpirun_cmd : mpirun -np %(mpi_nbcpu)s %(program)s

参考のとおりにCode_Asterのソースファイルを解凍し移動します。

Ubuntu_gnu.pyはこちら hdf5のembedを止めています。

Ubuntu_gnu_mpi.pyはこちら

$ export ASTER_ROOT=/opt/aster
$ ./waf configure --use-config-dir=$ASTER_ROOT/13.4/share/aster --use-config=Ubuntu_gnu_mpi --prefix=$ASTER_ROOT/PAR13.4PE
$ ./waf build -p
$ ./waf install

Warningがいっぱいでますが、構築はできました。

最後に、/opt/aster/etc/codeaster/asterを開いて、 vers : PAR13.4:/opt/aster/PAR13.4PE/share/aster を追加します。

ASTKから並列版の実行時ですが、ここでも紹介しましたがcommの中身の修正が必要でした。

以上です。